東吳大學目前已成為一結構完整的綜合性大學。此時期的東吳大學發展為兩個校區。外雙溪校區位於文化風景區，安置文、外語及理三學院；城中校區位於政經文化中心，安置法、商兩學院及推廣部。兩校區均屬台北市的精華區域。東吳大學已演變成一有特色、有內涵、有制度的精緻大學。歷任校長致力於提昇學術研究能力、拓展與國際及大陸的學術交流、推行校務運作制度化，並與社區建立良好互動關係。東吳與附近中小學形成一校群彼此支援。國內各地校友會、系友會及校友總會亦相繼成立。
公元二千年東吳慶祝建校一百年，展望未來東吳大學仍將秉持「養天地正氣 法古今完人」的校訓精神，以「教育而得天下之英才」的辦學理念，培育「樸實熱誠堅毅 專業通識宏觀」的青年學子。不僅要維護學校作為人才培育的勝境，更在新世紀致力發展成為學術研究的清源。
